小麦播前药剂拌种可用井岗霉素和烯唑醇进行防治。在栽培防病方面，应注重肥水管理，肥料施用应稳施氮、磷，增施钾、锌肥，施足基肥并保证穗肥，水稻生长中期不宜施氮肥提苗。灌水应遵循“前浅、中晒、后湿润”的原则。药剂防治应以保护稻株最后3～4片叶为主，施药时间不宜过早或过迟。
防治小麦纹枯病，可在小麦拔节期亩用有效成分井冈霉素10克，或井冈·蜡芽菌26克，或烯唑醇7.5克，或苯甲·丙环唑6－9克、或丙环唑10克。选择上午有露水时施药，适当增加用水量，使药液能流到麦株基部。重病区首次施药后10天左右再防一次。此外，还可选用相对抗（耐）病的品种进行种植，或在2月底至3月初间隔7～10天两次喷药防治，每亩每次用药量为5%井冈霉素水剂200毫升+20%三唑酮乳油50毫升。