主要为害果实，尤其是植株下部接触地面的果实易发病。丝瓜种植过程中，主要病害虫有地老虎、潜叶蝇，主要自然病害有灰霉病、枯萎病、病毒病等。丝瓜绵腐病主要危害丝瓜，下部靠根部较重，由湿度过大引起。绵疫病，俗称“烂果”、“掉蛋”、“水烂”，属真菌病害，幼苗和成株均可受害。
