茄子幼苗期发病，茎基部呈水浸状，发展迅速，常引发猝倒，致使幼苗枯死。成株期叶片感病，产生水浸状不规则形病斑，具有明显的轮纹，但边缘不明显，褐色或紫褐色，潮湿时病斑上长出少量白霉。茎部受害呈水浸状缢缩，有时折断，并长有白霉。花器受侵染后，呈褐色腐烂。果实受害最重，开始出现水浸状圆形斑点，边线不明显，稍凹陷，黄褐色至黑褐色。病部果肉呈黑褐色腐烂状，在高湿条件下病部表面长有白色絮状菌丝，病果易脱落或干瘪收缩成僵果。
茄子绵疫病主要损害果实，以近地面幼果发病居多。果实发病初期，在茄果外表产生水渍状圆形小雀斑，后迅速扩展、蔓延至全部果实。茄果病部呈黄褐色或暗褐色，湿度大时病部长满茂盛的白色絮状霉层，内部果肉变褐、糜烂。病果后期多脱落，在湿润地面上迅速烂光。也有留挂在枝上的，糜烂后失水干缩成黑褐色僵果。
有时叶片、枝梢也能发病，被害叶片产生近圆形或不规则矩形水渍状淡褐色病斑，有时有明显的轮纹。湿润时，病斑上生疏落的白色霉状物。茎部染病，初呈水渍状，后变暗绿色或紫褐色，病部僵缩，其上枝叶萎蔫。