菌种本身带有病毒，菌丝生长速度减慢，且稀疏，颜色变褐，菌落边缘不整齐。用带有病毒的菌种播种，菌丝发菌及子实体分布不均匀，甚至不出菇；子实体长出后，菌盖与菌柄生长不成比例，菌盖小，菌柄细长并弯曲，有的菇柄呈球状，菌盖薄而平展，有的菌盖呈半球形，菌柄上粗下细，呈钉头菇。担孢子子实体较小，且萌发快。正常菌种被病毒感染后，多在第2茬菇开始表现症状，病菇逐渐增多。蘑菇菌丝感染病毒后不能形成子实体，严重时菌丝体腐烂，导致菌床上出现大块无菇区。菇蕾感染病毒后，子实体发育畸形，有的菌盖上出现褐色斑点，菌盖歪斜；有的菌盖有缺口，菌盖与菌柄生长不均衡，菌盖特小或菌柄特长；或菌柄弯曲，菌柄下部削尖；或菌柄中央膨大成柄状或坛状；有的菇体呈水渍状，挤压菌柄都是水。生产用的菌种应尽可能采用未发现病毒感染的品种，凡在本地区已发生病毒病的品种，不能再作种菇进行组织分离，也不许再转管扩接。严格把好母种关，凡生长异常，特别是菌丝不整齐的母种要剔除。