小麦纹枯病可用井冈霉素、戊唑醇等农药防治。
药剂防治的关键时期是返青拔节期，通常在2月下旬施药。如果以后以阴雨天气为主，是纹枯病随水平扩展的重要时期，如不防治，病菌会侵入小麦基部茎节危害。可每亩用5%井冈老霉素水剂500克或16%井冈.咪鲜胺可湿性粉剂40-50克喷雾防治，每亩用水量50公斤以上。重点喷遭纹枯病侵染的茎部，早上带露水喷到病部；如果上年麦田白穗较多，应防治小麦纹枯病2次以上，第一次在病株率达20%-30%时施药，7-10天后再次施一次药。
防治小麦纹枯病首先要选择抗耐病品种。其次是播种前药剂拌种。三是在小麦返青后起身前结合喷除草剂＋井冈霉素＋海岛素。四是拔节后到孕穗喷海岛素＋烯唑醇。