防治番茄青枯病应采用“预防为主，综合防治”的植保方针。首先，选用抗病品种如“龙女”、亚蔬六号等。其次，选择高燥、排水良好的无病地块育苗，培育壮苗，提高抗病力。加强栽培管理，选择地势高、排水良好的地块定植，避免与茄科或豆科作物连作，定植地每亩增施石灰50千克～100千克，或增施草木灰或钾肥。
采用轮作嫁接技术，将西红柿与非茄科作物如葱、蒜、瓜类、十字花科蔬菜或水稻实行4～5年以上轮作，或使用野生西红柿CH—2—26作砧木进行嫁接。降低田间湿度，选择排水良好的地块育苗和定植，地势低洼或地下水位高的地区采用高畦种植，开好排水沟，确保雨后能及时将雨水排干。及时中耕除草，降低田间湿度。
在西红柿苗生长早期，中耕可以深些，以后浅些，到西红柿生长旺盛期，停止中耕同时避免践踏畦面，以防伤根。若田间发现病株，应立即拔除烧毁，清洁田园，并在拔除部位撒施生石灰粉或草木灰或在病穴灌注2%福尔马林液或20%石灰水。