散黑穗病是花器侵染病害，一年只侵染一次。带菌种子是病害传播的唯一途径。病菌以菌丝潜伏在种子胚内，外表不显症。当带菌种子萌发时，潜付的菌丝也开始萌发，随小麦生长发育经生长点向上发展，侵入穗原基。孕穗时，菌丝体迅速发展，使麦穗变为黑粉。厚垣孢子随风落在扬花期的健穗上，落在湿润的柱头上萌发产生先菌丝，先菌丝产生4个细胞分别生出丝状结合管，异性结合后形成双核侵染丝侵入子房，在珠被未硬化前进入胚珠，潜伏其中，种子成熟时，菌丝胞膜略加厚，在其中休眠，当年不表现症状，次年发病，并侵入第二年的种子潜伏，完成侵染循环。
小麦散黑穗病的传播途径主要靠种子，也就是播种时，小麦种子携带有病菌，这些病菌在种子中以菌丝潜伏，播种下去之后，随着温度、湿度、水分等条件适宜后，开始慢慢显现，等小麦到达孕穗时，迅速危害，最终导致的结果，正常的麦穗变成了黑粉，这里需要注意一点，患有散黑穗病的小麦，人畜都不宜食用。
1、种子带菌
小麦收获后，病穗与健穗混合脱粒，病粒破碎后散出黑粉在种子上，成为当年的侵染来源，随种子调运进行远距离传播。
2、粪肥带菌
用带菌的场土、麦糠、麦秸、带菌杂草等积肥，或用带菌麦秸、麦麸喂牲畜，病菌会通过牲畜的肠胃，随粪便排出，粪便仍具有传染能力。所以施用带菌的病肥会人为扩大病地面积，使病肥带菌传染。
3、土壤带菌
小麦腥黑穗病的厚垣孢子遗落在土壤中，造成土壤带菌。
4、收割机传播
近年来收割机跨区域作业也是病菌传播的一条途径。