种植抗病品种是预防玉米丝黑穗病最有效的措施之一。合理轮作倒茬，重病田要与大豆、马铃薯、高粱等进行轮作，以减轻病害的流行。适时迟播、浅播，缩短玉米出苗时间。如果头年玉米丝黑穗病发生重，要对已包衣种子用戊唑醇湿拌种剂进行拌种，晾干后播种。玉米生长期一旦发现病株，要未散苞前彻底清除病株并带出田外销毁。
