选用抗病品种，如南方稻区的广二104、选271、汕优36、扬稻3号、滇粳40号等；北方稻区有京稻选1号、沈农514、丰锦、辽粳10号等发病轻。避免病田留种，深耕翻埋菌核。发病时摘除并销毁病粒。防治可用氟硅唑咪鲜胺加嘧啶核苷类抗菌素农用抗菌素120，或用2%福尔马林或0.5%硫酸铜浸种3-5小时。稻曲病对水稻稻穗危害严重，应加强防治。在种植水稻时宜选择抗病性强的品种，加强种植管理，在水稻抽穗前或破口前10天左右，选用真灵悬浮剂或井冈霉水剂兑水喷雾，可有效防治。严格控制氮肥施用，杜绝穗前和穗后的氮素粒肥施用。喷施磷酸二氢钾、喷施宝、云大120等叶面肥，增强水稻抗性。割除田埂沟渠杂草，增强田间通风透光性。提倡间歇灌溉，尽可能降低田间湿度。发现病情立刻采取药剂防治措施。此种病害危害严重，应提前搞好综合防治。