南瓜软腐病主要侵染南瓜果实和茎蔓。果实染病后,表面出现水渍,随后扩展为黄色或褐色斑块,逐渐变软腐烂,潮湿环境中还会长出浓密的白色絮丝,并散发出恶臭味。茎蔓染病多由伤口引起,病斑呈不规则水渍状,向内软腐,发展迅速,可引起全株软腐,病蔓断面流出黄白色菌脓,伴有臭咸菜样恶臭味。