大葱黑斑病的病原以子囊座随病残体在土壤中越冬，通过子囊孢子进行初侵染，分生孢子则负责再侵染。孢子通过气流和雨水传播，萌发后产生侵染菌丝，经气孔、伤口或直接穿透叶表皮侵入。该病发展的适宜温度范围为23～28℃，若温度低于12℃或高于36℃，则病情发展缓慢或不适宜发病。此外，孢子产生需要85%以上的湿度，其萌发和侵入过程均需有水膜存在。
