改良土壤，适时灌水：深翻改土，增施有机质肥料，是防治苹果缩果病的根本措施。春旱年份适时灌水，有利于提高土壤中水溶性硼的含量，能够有效防止苹果缩果病的发生。合理施肥每年8月20日左右增施有机肥料，改良土壤，对瘠薄地进行深翻，加强水土保持，干旱年份适时灌水。花期大量施肥灌水，可减轻发病。
叶面喷硼：苹果花期前后，每隔10一15天喷布1次200倍硼砂液，共2—3次。开花前和开花后，叶面喷洒0.3%硼砂溶液，有提高坐果率、增加产量的作用。
土壤施硼：冬春期间结合施肥，在树冠边缘开放射状浅沟，每株施入硼砂150—250克，施后与土粪拌匀。持效期一般可维持2—3年。增施硼素苹果在开花前、开花期和落花后，各喷1次0.3%的硼砂液加0.2%尿素液；结合施基肥，每株大树施硼砂150-200克，用量不可过多，施肥后立即灌水，以防产生药害。缺硼严重的果园，春季和秋季，每株施硼砂150~200克，施后灌水。
避免长期偏施氮肥，多施有机肥和硼镁复合肥。苹果缩果病与营养元素硼有很大的关系，硼元素缺乏会造成生理性缩果病。