芹菜的常见病害有软腐病、病毒病、早疫病、菌核病、疫病、白粉病、叶斑病等；主要虫害有蚜虫、蝼蛄、根结线虫、斑潜蝇、菜蛾、跳甲类、粉虱、蛴螬、小地老虎、夜蛾、菜螟等。根据危害部位可分为地下害虫（包括蛴螬、蝼蛄、小地老虎等）和地上害虫（包括夜蛾、菜螟、蚜虫、斑潜蝇等）。
