该虫以幼虫为害种苗的嫩根、嫩茎及叶片，可传播根腐病，造成种苗成片枯死。嫁接苗在愈合阶段的环境条件适宜，更易大规模繁殖生长，危害尤为严重。番茄厉眼蕈蚊可周年发生为害，在设施栽培中只要温度、湿度适宜无越冬期。在河北、山东地区虫量高峰期在1~5月和9~11月，目前尚无很有效防治措施，该虫为害愈来愈烈，可造成种苗全部死亡。厉眼蕈蚊已成为设施育苗中的主要害虫。
