苹果褐斑病应在座稳果后开始预防。药剂可选用多抗霉素、戊唑醇、异菌脲等杀菌剂轮换交替喷雾，每次用药间隔15天左右。
幸果褐斑病，座果后开始预防，用药闰隔15天左右。
要加强日常管理从极早杀菌和复壮树体入手，解决侵染菌源的数量和侵染条件（伤口、气孔）问题。在发病条件来临（具备）前、在症状初显时，采用得力的方案尽最大可能杀灭病菌解除病患，起到早防无病、病轻，重治是速效、省钱、省工的效果。
苹果褐斑病是一种传统的叶部病害，严重影响果实产量和品质，高温多雨天气是苹果褐斑病流行的主要条件，在较高的温度下，病害扩展迅速。管理不善、套袋后用药间隔期过长、地势低洼、排水不畅、树冠郁闭、通风不良的常发病较重，树冠内膛下部叶片比外围上部叶片发病早而且重。苹果褐斑病的防治：一要合理修剪，注意排水，改善园内通风透光条件。二要秋、冬季清扫果园内落叶及树上残留的病枝、病叶，深埋或烧毁。三是喷药保护，一般5月中旬开始喷药，隔15天1次，共3~4次。四是保护剂和内吸治疗剂交替使用。四是清除病源，褐斑病菌主要在落叶上越冬，清除果园内及果园附近的病落叶可大大减少越冬菌源。