与禾本科作物实行2年以上轮作或水旱轮作,棚室或大田避免使用带有病残体和菌核的有机肥。种子消毒时用50℃温水浸种10~15分钟可杀死菌核。菌核病发病初期可使用腐霉利、异菌脲、啶酰菌胺或菌核净防治,并注意降低田间湿度。