大豆菌核病以菌核在土壤中、病残体内或混杂在种子中越冬，成为翌年初侵染源。越冬菌核在适宜条件下萌发，产生子囊盘，弹射出子囊孢子，子囊孢子借气流传播蔓延，进行初侵染。病原菌是通过伤口或角质层侵入，衰老叶片、凋萎的花及纤弱的茎最易受侵染。再侵染则通过病健部接触菌丝传播蔓延，条件适宜时，特别是大气和田间湿度高，菌丝迅速增殖，2~3天后健株即发病。本菌寄主范围广，除禾本科不受侵染外，已知可侵染41科383种植物。菌核在田间土壤深度3厘米以上能正常萌发，3厘米以下不能萌发，在1~3厘米深度范围内，随着深度的增加菌核萌发的数量递减。