玉米黑丝穗病是由土壤和种子带菌引起的病害，病菌在土壤中可存活2-3年，春季种子萌发时感染病菌。土壤含水量在18-20%，温度在20-25℃时发病率高。病菌在土壤、粪肥或种子上越冬，成为翌年初侵染源。种子带菌是远距离传播的主要途径。厚垣孢子在土壤中存活2～3年，幼苗期侵入是系统侵染病害。玉米播后发芽时，越冬的厚垣孢子也开始发芽，从玉米的白尖期至4叶期都可侵入，并到达生长点，随玉米植株生长发育，进入花芽和穗部，形成大量黑粉，成为丝黑穗，产生大量冬孢子越冬。玉米连作时间长及早播玉米发病较重；高寒冷凉地块易发病。沙壤地发病轻。旱地墒情好的发病轻；墒情差的发病重。