小麦根腐病易防难治，应以预防为主，发现病株后及时用药治疗。首先，选用抗病品种，并用含有苯醚甲环唑或咯菌腈的种衣剂拌种或包衣。播前可选用井冈霉素、多菌灵、戊唑醇等杀菌剂拌种，这是预防该病的最有效措施。发病初期，可选用12.5%烯唑醇可湿性粉剂2500-3000倍液，或25%丙环唑乳油3000倍液，或20%三唑酮乳油2000倍液，或25%敌力脱乳油1500倍液喷雾，隔10-15天再喷一次，可控制叶部病害发展，防病增产效果较好。此外，磷钾肥配合施用，可以改善土壤结构，促进小麦健壮生长，提高植株抗病能力。田间一旦发现腐烂或烂苗，要及时清除，尤其是秸秆还田后要翻耕，埋入地下。中耕松土，理沟排温，用甲硫.福美双（根腐灵）喷雾。