近年该病上升与部分育种材料抗病性差，耕作栽培条件改变有很大关系。因此，选用抗病自交系，培育抗病杂交种是首要防治措施。引致茎腐病的病原物都是弱寄生菌，只能侵染生长势较弱的植株。加强栽培管理，合理施肥，合理密植，降低土壤湿度等措施可以使植株健壮，减少茎腐病。合理轮作，深翻土地，清除病残和不施用未腐熟的有机肥，可以减少田间菌源，达到一定的防治效果。在播前可以使用福尔马林浸种后播种，并在玉米抽穗期使用多菌灵可湿性粉剂或苯菌灵乳油进行喷施防治，可以间隔7至10天喷一次。
