水稻穗腐病有两种类型，一种是细菌性穗腐病，一种是真菌性穗腐病。在氮肥较大的水稻田块，水稻的颖花组织都比较嫩，如果水稻开花时，特别是颖壳张开的时候，如果有高温大风和阴雨大雾天气，就可能造成部分水稻颖花内颖，或花粉柱头及水稻颖壳，侵染细菌或真菌，在水稻灌浆初期，逐渐发病，变成白粒或半白半褐稻粒。
（1）在抽穗后期有可能会引起苗枯、茎腐、基腐，当小穗受害之后，会出现水渍状的病斑，颜色为褐色，然后逐渐蔓延至全穗，导致病穗枯黄，子粒干瘪、霉烂。（2）患病稻谷的谷壳上具有大小不一的点，颜色为紫色或者褐色，米粒上面没有褐色的线。