病原菌主要潜伏在带菌的西瓜、甜瓜种子中，借助种子销售流通传播。同时，也不排除土壤和空气带菌及病残体越冬传播的可能性。此外，嫁接育苗时，通过切口、污染的刀具、育苗盘、嫁接工人的手指等均会加重病原菌的传播。病菌主要附着在种子和病株残体上越冬，种子带菌为主要侵染来源。病菌随风、雨水或灌溉水从植株气孔或伤口侵入，在受害果实上大量繁殖扩展，造成再次侵染。高温是造成该病发生和蔓延的主要条件，空气相对湿度高于70%或降雨过多的年份或地区往往发病重。该病菌在4～53℃范围内均可生长，适宜温度为28℃左右，属于种传性细菌病害。由于土壤中的病株残体带菌，未腐熟的有机肥料带菌，因此常造成重茬地发病严重。病菌借助气流或雨水的飞溅和灌溉水传播。西瓜果实腐斑病的传播途径包括种子带菌、土壤带菌和机械传播。