病菌随病残体在土壤中越冬。翌年，借雨水、灌溉水及昆虫传播，由伤口侵入。病菌侵入后分泌果胶酶溶解中胶层，导致细胞分崩离析，致细胞内水分外溢，引起腐烂。阴雨天或露水未落干时整枝打权，虫伤多发病重。连作地、前茬病重、土壤存菌多、地势低洼积水、排水不良、土质黏重、土壤偏酸、氮肥施用过多、植株生长过嫩、虫伤多，易发病。栽培过密、株间通风透光差，种子带菌，育苗用的营养土带菌，有机肥没有充分腐熟、带菌，高温、高湿、多雨、大水漫灌，虫害发生严重，易发病。病菌主要以菌丝体随病残体或产生接合孢子留在土壤中越冬，翌春侵染西葫芦的花和幼果，发病后病部长出大量孢子，借风雨或昆虫传播，该菌腐生性强，只能从伤口侵入生活力衰弱的花和果实。西葫芦软腐病的病原随病残体在土壤中越冬。第2年借雨水、灌溉水及昆虫传播，由伤口侵入。