主要为害叶片和茎柄。最初叶片基部变褐软腐，潮湿时上面长出很多白色绒毛状物，然后出现许多黄褐色至黑色的小菌核。常造成局部植株叶片枯死，仅留下心叶。
主要危害叶片、叶鞘或茎部。发病部位初期变褐色或灰褐色，后腐烂干枯，田间可见成片枯死株，病部可见黄白色至黄褐色菜籽状小菌核。
韭菜菌核病主要危害叶片、叶鞘和“假茎”。病菌主要以菌核随病残体遗落在土中越冬，借助灌溉水和雨水溅射传播，菌核萌发菌丝进行初侵染，田间病害蔓延主要通过菌丝的攀援和接触传染；发病初期患病部变褐、湿腐状，终致植株枯死。
韭菜的叶片、颈部患病部变褐、湿腐状，终致植株枯死。