玉米幼苗期间应注意根腐病、地下害虫、缺素症等。主要病害包括粗缩病、茎基腐病和缺锌症；主要虫害有粘虫、二点委夜蛾、地下虫等。若不及时防治，将对玉米生产造成严重影响。
蓟马是玉米苗期的主要害虫，成虫和幼虫多危害玉米幼嫩部位，尤其心叶处，导致叶片扭曲、破碎。粘虫和小地老虎具有远距离迁飞为害特性，二代幼虫在苗期危害严重，轻者叶片被吃成缺刻，重者整株被食，造成缺苗断垄。棉铃虫和甜菜夜蛾是玉米苗期的常发性害虫。
玉米茎基腐病主要侵染根部及茎基部，病苗自根系侵入，在植株体内蔓延扩展。剖根或茎基部检查可见木质部变褐，严重时初生根、次生根坏死、腐烂，导致根部及茎基部腐烂，引起倒伏或整株枯死。