防治水稻恶苗病最有效的方法是选用抗病水稻良种并对种籽进行消毒杀菌处理。首先，要选好无病的种子，并在晴天晾晒两三天。消毒前，根据种子品种的不同，注意浸种的药剂、时间、数量。其次，在栽培种子播种前，催芽时间不宜过长，以免植株受伤感染病菌。移栽时尽量避免伤害秧苗的根部，插秧时避开高温天气，以减少病菌的滋生。最后，及时拔除病株，防止传播感染，并对病株进行妥善处理，如燃烧，避免乱放在田间地头。
