大葱紫斑病主要侵害叶片和花梗，偶可为害鳞茎。发病初期，病斑小，略凹陷，后逐渐变大，椭圆形或梭形，褐色到紫色。潮湿时病斑上生黑色霉层，并有同心轮纹，病部易折断。大葱和洋葱上的病斑紫褐色，大蒜病斑黄褐色，湿度大时布满黑褐色霉状物，轮纹状排列，重病株叶和花梗枯死。切顶后的鳞茎和颈部受到感染时呈半湿性，组织变红或黄，渐呈暗褐或黑色。种株花梗发病率高，致使种子皱缩，不能充分成熟。收获前还能危害鳞茎导致腐烂。
