主要为害叶、花梗，有时也危害绿色茎部。初在寄主表皮下产生椭圆形稍隆起的橙黄色孢斑即夏孢子堆，后表皮破裂向外翻卷散出橙黄色粉末即夏孢子。到晚秋或环境条件不良时则形成黑褐色孢斑即冬孢子堆，多为纺锤形，病部表皮破裂后散发出黑色粉末即冬孢子。发病严重时，葱叶上布满大大小小病斑，造成叶梗干枯。
大葱锈病主要为害叶、花梗，有时也危害绿色茎部。初在寄主表皮下产生椭圆形稍隆起的橙黄色孢斑即夏孢子堆，后表皮破裂向外翻卷散出橙黄色粉末即夏孢子。到晚秋或环境条件不良时则形成黑褐色孢斑即冬孢子堆，多为纺锤形，病部表皮破裂后散发出黑色粉末即冬孢子。发病严重时，葱叶上布满大大小小病斑，造成叶梗干枯。
其主要在叶片和花梗上形成桔色小疮疱，周围黄白色且有光泽。
表皮下出现圆形或椭圆形稍隆起的橙黄色小疱斑，即病菌的夏孢子堆。不久后，蒜叶的病斑处表皮破裂、外翻，散出橙黄色粉末，即病菌的夏孢子。病斑周围有黄色的晕圈，夏孢子堆可连片形成疱斑群。发病严重时叶片病斑密布、连片，全叶发黄，植株提前枯死。后期，在病部未破裂的夏孢子堆上形成长椭圆形的黑褐色疤斑，即病菌的冬孢子堆。