西红柿茎腐病初期症状不明显，持续一段时间后，植株呈枯萎状，茎基部产生褐色至深褐色略凹陷斑，向上下及四周扩展，当扩至绕茎1周时，出现枯萎状，与枯萎病相似，拔出根部未见异常。这种病主要危害茎基部或地下主侧根，病部开始为暗褐色，以后绕茎基部扩展一周，使皮层腐烂，地上部叶片变黄、萎蔫，后期整株枯死，病部表面常形成黑褐色大小不一的菌核。
番茄幼苗发病后，首先茎基部变褐，随后病部收缩变细即发生缢缩现象，进而中上部茎叶逐渐发生萎蔫下垂和枯死现象。发病苗白天萎蔫，夜晚可恢复，数日后，当病斑环绕茎一周时，幼苗便逐渐枯死，不倒伏。成株期发病后，病部初亦呈暗褐色，后绕茎基部或根部扩展，致皮层腐烂，地上部叶、花、果逐渐变色停止生长。在果实膨大后期发生该病，植株迅速萎蔫枯死，似青枯症状，但患病部位无菌脓。
茄病镰孢引起的茎腐病，番茄小双胞腔菌侵入番茄后引起茎叶产生褐斑。西红柿茎腐病感染症状植株呈枯萎状，然后茎杆腐烂。