主要危害叶片及叶鞘，破坏叶绿素，造成光合效率下降，并掠夺植株养分和水分，增加蒸腾量，导致灌浆受阻，千粒重下降，一般减产20%～30%，最严重时几乎颗粒无收。叶片及叶鞘上有黄红色的孢子堆，光合作用下降，光合产物运输迟滞。小麦锈病有叶锈、秆锈、条锈三种，呈橙色锈斑，轻者麦粒不饱满，重则不能抽穗，麦株枯死。
成株叶片初发病时夏孢子堆为小长条状，鲜黄色，椭圆形，与叶脉平行，且排列成行，像缝纫机轧过的针脚一样，呈虚线状，后期表皮破裂，出现锈褐色粉状物。小麦近成熟时，叶鞘上出现圆形至卵圆形黑褐色夏孢子堆，散出鲜黄色粉末，即夏孢子。后期病部产生黑色冬孢子堆，冬孢子堆短线状，扁平，常数个融合，埋伏在表皮内，成熟时不开裂，别于小麦秆锈病。苗期染病，幼苗叶片上产生多层轮状排列的鲜黄色夏孢子堆。