番茄种植过程中，病虫害防治需结合各地气候条件和地理环境。黄板诱杀或糖醋盆诱杀可用于成虫防治，药剂可选择高氯。幼虫防治可选用吡虫啉。灭蝇胺或阿维菌素均可用于防治，但斑潜蝇已对阿维菌素产生严重抗性，当前最佳药剂为灭蝇胺，建议与阿维菌素交替使用。高效氯氟氰菊酯和阿维菌素可在卵孵期施药。农业措施与高效低毒生物农药相结合，保持水肥，防止干燥，可有效防治蔬菜斑潜蝇。提前喷洒多菌灵可预防病变。
