水稻立枯病在发芽或刚出土时发生，幼苗的幼芽或幼根会变为褐色，扭曲、腐烂而死，种子或芽基部会生有霉层。幼苗立针期到2叶期会出现叶片枯黄、不展开，基部变褐，叶鞘上生有褐斑，病根逐渐变为黄褐色，茎基软弱，易折断等症状。水稻立枯病基腐表现症状有：黄化、黑软、腐臭味。水稻旱育秧机叶龄2-3叶时，容易形成秧苗成团枯萎、腐烂、萃倒等立枯病病害，可以采用床土调酸、施用甲霜.噁苗灵、立枯净等药品喷雾预防和治疗。立针基腐多发生于立针到3叶期，2叶1心时也少有发生。幼苗中心叶开始枯黄，如果温差大，呈现灰绿带黄颜色，根群多数变成黄褐色。潮湿情况下，茎基部软化，用手提苗，苗与种子脱离。干燥情况下种子与茎基部形成褐斑，并有真菌霉层。开始在床面上成撮发生，以后逐渐扩大成片。病苗叶尖不吐水，叶色枯黄、萎蔫，成穴状迅速向外扩展，秧苗基部与根部极易拉断，叶片打绺。水稻基腐病的特征是在1至2叶期，叶片枯萎，叶鞘有褐斑，幼根成褐色，通风炼苗时，早晨叶尖无水珠，拣苗时叶茎与根基断裂，与青枯病的区别在于此。