芝麻土传病虫害较为严重，最忌连作，芝麻与棉花、甘薯及禾本科作物实行3～5年轮作倒茬，能有效控制病害发生流行。及时拔除病株，带出田外掩埋，防止病菌扩散蔓延。芝麻收割后要及时清除田间病残体，禁烧，可集中深埋以减少越冬菌源。加强肥水管理，增施基肥，基肥以中迟效有机肥为主，并混施磷、钾肥；苗期不施或少施氮肥，培育健壮苗，提高抗病能力。采用高畦栽培，及时清沟排水，防止田间有积水，降低田间土壤温湿度。芝麻茎点枯病可以通过田间整理或者药剂喷洒来防治。选用抗病品种，合理轮作，加强田间管理培育壮苗。及时清沟沥水，清除病株残枝并用化学农药防治。选择抗病品种，合理轮作，合理施肥，加强管理。用种子重量0.2%的50%多菌灵可湿性粉剂或50%苯菌灵可湿性粉剂、80%喷克可湿性粉剂拌种，对控制苗期茎点枯病有效。成株在发病初期用36%甲基硫菌灵悬浮剂600倍液或50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、70%甲基托布津可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂600～700倍液、40%百菌清悬浮剂（顺天星1号）600倍液喷茎、荚，防效可达90%以上。此外喷洒1:1:150倍式波尔多液或47%加瑞农可湿性粉剂、12%绿乳铜乳油600倍液也有效。