病菌附着在种子或病残体上越冬，种子带菌是翌年主要初侵染源，该菌在埋入土中西瓜皮上可存活8个月，在病残体上存活2年。在田间借风、雨及灌溉水传播，从伤口或气孔侵入，果实发病后在病部大量繁殖，通过雨水或灌溉水向四周扩展进行多次重复侵染。西瓜细菌性果斑病属于检疫对象，主要通过调运传播或者种子种苗传播，农事操作、昆虫、空气、雨水、病残体及土传病源均可传播。
