南瓜病毒病主要表现为花叶型：叶片上出现黄绿相间的花叶斑驳，成熟后叶片较小，皱缩，边缘卷曲。果实上表现为瓜条出现深浅绿色相间的花斑。该病是普遍且危害较大的病害之一，主要由土壤、带菌种植、蚜虫等因素引起。
在种植南瓜时，应将种子进行消毒处理，并及时防治蚜虫，以降低发病率。如果发病，初期可使用菌克毒克水剂或病毒A可湿性粉剂进行防治。任何病毒病没有特效药，只有通过轮作倒茬、采用脱毒苗，强化田间管理等措施予以预防。
具体防治方法包括：使用病毒A可湿性粉剂500倍液，或0.5％抗毒剂1号水剂300倍液，或20％病毒净500倍液，或1.5％的植病灵乳剂1000倍液。还可喷病毒快克、病毒KⅡ、病毒宁等药剂，每隔5～7天喷1次，连续2~3次。