玉米苗期的主要害虫有黏虫、甜菜夜蛾、蓟马、麦秆蝇等，可在玉米2-3叶期喷施高效氯氰菊酯、辛硫磷、敌敌畏等杀虫剂防治，喷施时需将麦秸及其田间杂草也喷施一次，以彻底杀灭虫源。玉米苗期病害主要是粗缩病，可在播种前用含有内吸性杀虫剂的种衣剂或玉米拌种剂拌种预防，苗期再喷施吡蚜酮、噻虫嗪防治。玉米苗期虫害包括地老虎、粘虫、蚜虫、玉米螟等。此外，还需注意玉米苗期的黑穗病、根腐病、立枯病等病害，以及地下害虫如蛴螬、金针虫、地老虎、蝼蛄等。防治措施包括选择抗病品种，合理密植，平衡施肥，加强肥水管理。
