症状茄子菌核病在茄子整个生育期均可发病。苗期发病从茎基部开始呈浅褐色水渍状病斑，后变褐色，湿度大时长出白色棉絮状菌丝，软腐，但无臭味，干燥时呈灰白色，后期菌丝集结成菌核，病部缢缩，茄苗枯死。成株期发病多始于茎基部或侧枝处，产生水渍状褐色病斑，并逐渐变为灰白色，稍凹陷。湿度大时，病部长出白絮状菌丝，皮层腐烂，表皮和髓部长出黑色小菌核。严重受害的皮层呈麻状破裂，致使上部枝叶枯死。叶片病斑初为浅褐色水浸状，后变为褐色圆形，湿度大时长出白色菌丝，干燥后病部易破裂。花及花蕾受害后出现水浸状腐烂，严重时脱落。果实受害主要由果柄发病蔓延后所致，并逐渐扩展到整个果实，病部长出白色菌丝体，后形成菌核。
(1)苗期。茎基部发病呈水渍状病斑，浅褐色，湿度大时病部长出白色棉絮状菌丝。(2)叶片。病斑水渍状，后变为褐色圆斑，潮湿时长出白色菌丝，健叶碰到菌丝也会发病。(3)茎部。发生在门茄果柄着生处附近或对茄所在侧枝上，多由开败的花或幼果上的病原扩散所致，病部初呈水渍状且上下扩展，稍凹陷，后呈浅灰黄色，皮层腐烂，后期纵剖茎秆可见髓部有黑色鼠粪状菌核。(4)花蕾、花、花柄。发病时呈现水渍状湿腐，后脱落。(5)果实。常始于果面残留的花瓣处，初呈水渍状斑，后变黄褐色腐烂，湿度大时长出白色菌丝体，后期形成菌核。
成株期茎基部或侧枝发病，产生水浸状褐色病斑，并逐渐变为灰白色，稍凹陷，湿度大时病部长出白絮状菌丝，皮层发生湿腐，表皮和髓部长出黑色小菌核，干燥后髓部变空，病部表皮易破裂，维管束外露呈麻状，致植株枯死；叶片受害也先呈水浸状，后变为褐色网斑，有时具轮纹，发病部位长出白色菌丝，干燥后斑面易破；花蕾及花受害，出现水渍状湿腐，终导致脱落；果柄受害导致果实脱落；果实受害顶部或向阳面初现水渍状斑，后期变成褐色湿腐，稍凹陷，病斑表面长出白色菌丝体，后期形成菌核。