西瓜病毒主要由蚜虫传播，部分病毒也可通过甲虫传播。多数病毒可通过汁液摩擦传染或机械传播，因此整枝、打杈、绑蔓、摘心等农事操作或昆虫都可能传播病毒。花叶病毒可以在菠菜、荠菜、白菜等多年生宿根作物或杂草根上越冬，这些作物往往也是蚜虫的越冬场所。高温、干旱、强光照条件下，病毒病易发生和发展。肥水不足、管理粗放、杂草较多时发病较重。
西瓜疫病的病菌以卵孢子及菌丝体在土壤中或粪肥里越冬，通过气流、雨水或灌溉水传播。种子虽可带菌，但带菌率不高。病菌从毛孔、细胞间隙侵入，多雨、高湿条件下易发病。西瓜生长期多雨、排水不良、空气潮湿时发病重。大雨、暴雨或大水漫灌后病害发展迅速。土壤黏重、植株茂密、田间通风不良时发病较重。病菌以菌丝体或卵孢子随病残体在土壤中或粪肥里越冬，翌年产生分生孢子，借气流、雨水或灌溉水传播。湿度大时，病斑产生孢子囊及游动孢子进行再侵染。发病温度范围为5-37℃，最适温度为20-30℃。雨季及高温、高湿条件下发病迅速，排水不良、栽植过密、茎叶茂密或通风不良时发病重。