稻曲病防治的最佳时期是在孕穗期、抽穗前10天、破口前6天。一般可在水稻孕穗期每亩用5%井冈霉素液剂225-450毫升防治1次，也可在水稻抽穗前10天用14%络氨铜每亩400毫升使用。也可在水稻破口前6天左右，每亩选用15%井冈霉素A水剂100克，或20%井冈·蜡芽菌悬浮剂100克，兑水喷雾。稻曲病防治主要是破口前预防，齐穗后再防治一到两次。除选择抗性品种，加强水肥管理、增施磷钾肥，防止迟施偏施氮肥外，适期喷药预防是关键措施。建议在水稻破口前10天左右（孕穗大肚明显时）及时选用戊唑醇、肟菌戊唑醇（拿敌稳）、烯唑醇、氟环唑、烯肟菌胺.戊唑醇、井.烯.环唑、井冈腊芽菌、蜡质芽孢杆菌、咪鲜胺、苯甲嘧菌酯等药剂喷施预防，若阴雨或湿度较大天气日数多，破口期再防治一次，效果较好。