向日葵病虫害发生率较低，主要病虫害有白粉病、黑斑病、细菌性叶斑病、锈病（盛行于高湿期）和向日葵螟等。向日葵主要虫害有：金针虫、蛴螬、地老虎、草地螟、金龟子、向日葵螟，蚜虫，棉铃虫等。向日葵主要病害有：锈病、菌核病、列当，霜霉病，褐斑病，枯黄萎病。地下害虫可用氧化乐果配制毒饵除治。草地螟、金龟子危害茎叶，可喷氟矽酸钠。若危害种仁可在管状花序凋谢时用氧化乐果喷花盘。
