玉米黑穗病应选择抗性品种，在病发初期选择戊唑醇兑水均匀喷防。用50%多菌灵可湿性粉剂按种子重量0.3%~0.7%用量拌种，或甲基托布津50%可湿性粉剂按种子重量0.5%~0.7%用量拌种。第一，用25%的粉锈宁或羟锈宁，按0.3%剂量拌种，防治效果可达90%左右。也可用玉米糊作粘着剂增加药效。第二，用70%五氯硝基苯做成含药量不超过0.7%的药土，播种时覆种效果较好。第三，利用种子衣剂防病。目前生产上有多种种子包衣剂，可有效地防治病虫害。据吉林省四平市农业科学研究所报道，玉米种子包衣处理后，对丝黑穗病的防治效果可达63.3%-87.3%。