小麦茎基腐病通过种子和土壤传播，用粉锈宁和多菌灵进行防治。该病主要是土传病害，应在播种期拌种，并在小麦返青期及时喷洒杀菌剂防治。从小麦茎基腐病的病原菌的传播途径来看，主要包括两种形式：一种是在整地、施肥、浇水以及中耕中传播；一种是借助于种子进行远距离的传播。在返青-拔节期，结合防治纹枯病、蚜虫、红蜘蛛等病虫害进行喷药防治，杀菌剂可用井冈霉素或戊唑醇或烯唑醇与50%多菌灵可湿性粉剂按需求配比喷施，连喷两次，间隔7至10天。抽穗扬花期结合防治赤霉病、白粉病、蚜虫等病虫害进行喷药防治。
