棉花的主要病虫害包括棉蚜、棉盲蝽、棉叶螨、棉蓟马、棉铃虫、地下害虫（如蝼蛄、蛴螬、金针虫和地老虎）、苗病（如立枯病、猝倒病和炭疽病）、枯萎病、黄萎病以及铃病（如疫病、炭疽病和红腐病）。局部地区可能还会出现烟粉虱、斜纹夜蛾和红叶茎枯病等病虫害。总体来看，棉花病虫害的发生程度属于中等。
