小麦秆黑粉病是由冬孢子团在土壤中或粘附在种子表面及肥料中越冬或越夏的初侵染源引起的。冬孢子萌发后从芽鞘侵入生长点,导致幼苗系统性侵染,且该病一年只侵染一次,主要通过土壤传播,种子和粪肥也能传播。病株上的病菌孢子在小麦收获前部分落入土中,病株较健株矮小,收获后大部分遗留田间,随麦茬翻入土中,使土壤中贮存大量病菌。病菌在于燥土壤中可存活多年,因此土壤带菌是传播此病的主要途径。