据不少稻农反映，当田间发生恶苗病以后，通过喷施化学药剂防治，效果有限，尤其是进入发生中后期以后，基本上无效果，而在发生前期，喷施药剂可能起到一定的抑制作用，使用药剂是咪鲜胺乳油，不过，在一些稻区，由于咪鲜胺常见使用，对于恶苗病的效果越来越低。
农业防治措施包括：建立无病留种田，选栽抗病品种，避免种植感病品种。加强栽培管理，催芽不宜过长，拔秧要尽可能避免损根。做到“五不插”，即不插隔夜秧、不插老龄秧、不插深泥秧、不插烈日秧、不插冷水浸的秧。清除病残体，及时拔除病株并销毁，病稻草收获后作燃料或沤制堆肥。