土壤透水性差、表土层浅，将会抑制番茄根系的发育，并引发番茄枯萎病。重茬，管理不当，种子带菌等原因。种子带菌，连作，土壤酸碱度不适宜，肥水管理不当，栽培密度过大，气候因素都是影响番茄枯萎病的发病因素。连作，种子带菌，管理不当例如排水不良、棚室地势低洼、底肥不足与频繁浇水等，均会增加棚内土壤的含水量，导致植株根系持续处于不利于发育的土壤环境中，降低番茄的抗病能力，在病菌入侵时极易发生枯萎病。此外，若土壤微量元素不足、番茄种植密度过大也会引发番茄枯萎病。
