西瓜细菌性果斑病由西瓜嗜酸菌引起，主要侵染西瓜果实且可危害幼苗。典型症状包括暗绿色水浸状斑块，这些斑块在果实表面形成不规则的大型橄榄色病斑，并可能伴随龟裂，严重时果实腐烂。幼果染病后常腐烂脱落，成熟果实染病则无法食用。
该病菌在埋入土中的西瓜皮上可存活8个月，在病残体上存活2年，通过风、雨及灌溉水在田间传播，从伤口或气孔侵入。果实发病后，病菌在病部大量繁殖，借助雨水或灌溉水向四周扩展，进行多次重复侵染。多雨、高湿、大水漫灌的环境条件有利于病害发生。在气温24～28℃下，病菌能在1小时内侵入潮湿的叶片，潜育期为3～7天。病菌可通过瓜皮进入果肉，导致种子带菌，侵染种皮外部位，或通过气孔进入种皮内。