萝卜黑心主要原因是各种因素导致的根部组织缺氧所致。引起萝卜肉质根黑心的主要原因是因各种因素导致的根组织缺氧所致。萝卜田如大量施用未腐熟或腐熟不好的有机肥，尤其是圈粪，或者地块杂草、残枝败叶未及时清理，或旋耕入土，短时间内种植，使土壤中微生物活动旺盛，消耗氧气过多，易造成根部窒息，部分组织会因缺氧而发生黑皮或黑心。萝卜地长期湿度过大，如低洼地块，或雨后一定时间地面积水，也易造成根部窒息导致缺氧而发生黑皮或黑心。贮藏萝卜时，如窖内存放萝卜过多，而又没有及时通风换气，因萝卜呼吸也会耗氧而造成窖内缺氧，诱发和加重黑心现象。