防治芹菜斑枯病，应实施轮作，种子消毒，种植中合理密植、加强水肥管理和排湿，选用百菌清烟剂或者百菌清粉尘剂进行烟雾或喷雾防治，也可以选用嘧菌酯百菌清水剂兑水喷施防治。具体方法如下：
1.对于发病严重的地块应进行轮作倒茬种植，可有效地减小成本投入。
2.增施有机肥，为提高芹菜的抗病性能和促进芹菜的健康生长，应增加土壤中的有机质含量。
3.合理控制菜棚内的温湿度。
4.药剂防治，在进行芹菜苗定植前，应采用500倍液50%多菌灵可湿性粉剂+芸苔素内酯进行灌根，然后再移栽，增强菜苗的抗病性能力。也可选用64%杀毒矾600倍液进行灌根。在芹菜斑枯病发病初期，可用可杀得500倍液进行全株喷洒，或者是75%百菌清可湿性粉剂600倍液+代森锰锌600倍液进行全株喷雾防治。
此外，选用无病种子从无病植株上采种，或使用2年以上的陈种，有一定防病效果。如果使用贮存不足1年的新种子，必须进行种子消毒，消毒时可用48—49℃的温水浸种30分钟，浸种时要不断搅拌，浸后立即投入冷水中降温，然后晾干播种或催芽播种。此法浸种后发芽率约降低10%。同时，消除田间病残体，病地进行2—3年的轮作。发病初期摘除病叶。田间病残体要集中沤肥或深埋。芹菜苗高2—3厘米时，就应开始喷药保护，以后每隔7—10天喷药一次。药剂可选用：75百菌清可湿性粉剂500—800倍液，65%代森锌可湿性粉剂500倍液；50%代森铵1000倍液；1:0.5:200的波尔多液。