以后根系逐渐变黑褐色，茎基部呈水渍状褐色腐烂，湿度大时近地面处产生白色或粉红色霉状物。
玉米苗枯病从出苗至三叶期开始表现症状，先造成玉米幼苗基部1~2叶发黄，叶尖和叶(缘)边干枯，由基部叶片逐渐向上部发展，进而引起心叶卷曲，严重的植株外周叶片干枯，心叶青枯萎蔫，植株死亡。
玉米苗枯病根部受害严重不生长，导致苗僵苗。
玉米苗枯病致使根系发育不良，根毛减少，扎不下根。
